无菌灌装环境首先要确保的是设备无菌，主要杀菌方法有加热法和化学法。对敞开式无菌灌装机而言，在无菌充填之前，灌装机内与产品接触的表面必须经过杀菌。其杀菌是通过灌装机自身产生的无菌热空气（或无菌热蒸汽）来实现的。在杀菌过程中，无菌热空气直接接触灌装机与产品接触的表面进行杀菌。

       封闭式无菌灌装机的杀菌只通过无菌热空气是不够的，还要保证封闭空间的无菌，即无菌室的杀菌。生产前，无菌室一般用双氧水喷雾和无菌空气的干燥来实现，无菌空气是通过灌装机内的无菌空气加热器将其加热至一定温度所得到的；杀菌时，液态双氧水喷射至无菌热空气中并瞬时蒸发，这样无菌空气和双氧水气体的混合物进入无菌室进行杀菌，冷凝在内表面的双氧水通过无菌热空气进行干燥，从而完成无菌室的杀菌。

       作为环境的杀菌一般采用洗涤、加热、药物和紫外线照射等措施，对与饮料相接触的装置和整个容器表面进行杀菌处理，空间环境则多采用药物杀菌，整个灌装系统无菌状态的维持则靠进入无菌空气并使整个系统保持一定的正压，以阻止外部空气中微生物侵入。

        建议敞开式无菌灌装系统和封闭式无菌灌装系统的外围环境好也是“正压无菌无尘室”。这个无尘无菌空气又是如何形成的呢？其“无尘”主要依靠初中高效过滤器过滤器循环过滤得到；“无菌”则是在净化机组内配套安装“NICOLER动态杀菌组件”，空气每被循环一次即进行一次杀菌，使得受控环境始终控制在在线杀菌状况，对人体无任何害处。

        设备停机时微生物会繁殖，可能导致大量微生物不能充分杀死。因此设备在清洗后应尽量抽干，以便没有水或溶液残留。

        4灌装封口，灌装封口对无菌灌装来说是后一个环节，也是关键的一个环节，其直接影响产品的灌装品质和储存期。其要求是一方面能防止微生物和气体或水蒸汽侵入，另一方面是不能让产品自身的气味和原液溢出。

      多数无菌灌装封口采用热封、超声波或胶片、气封，有些用折叠、项合封口，封口时注意压力应均匀分布于密封表面；封口过程的条件如封口温度、时间、压力必须有安全界限，并能控制；封口表面应避免产品或其它污物污染；封口位置必须准确，特别是热成型/灌装/封口同机进行情况下，更应防止封口位置发生偏差。