净化工程洁净室给排水管道敷设上要尽量保证不积尘。为避免在由于大量粉尘污染洁净室铺设供水和排水管道的过程中，必须尽可能采用户外铺设或者暗装的方法，尽量减少净化工程洁净室内管道。
    在铺设管道之前，必须对供水和排水管道进行消毒，并在管道中安装消毒过滤器和水消毒装置。安装在净化工程洁净室中的给水主管和排水立管要隐藏和保护。管道穿过墙或穿楼板，需预留套管，套管比管道直径大两号，管道接口不得设在套管内。套管与管道间的缝隙用硅橡胶密封胶密封，穿越防火分区的管道也应设套管，套管与管道间采用不燃或难燃材料密封。
    在隐蔽的位置设计一个刚性检修门阀和排水检查端口，距离建筑地面高程 5~10mm 高于地漏安装。如果需要连接到供水管道洁具及相关设备，它应该确保密封性。严格按建筑设计施工标准进行建设。
    建设绿色医院净化工程洁净室的供水和排水设计过程中，推进资源节约，节能减排，还需要设计一套特殊的污水处理系统，污水过滤净化。在净化工程洁净室运行中，污水经过处理后，可以在一些设施中进行使用，这样不仅可以减少了水资源的污染，还可以提高水资源的二次利用率。